Bei einem der letzten und schwersten Luftangriffe auf Regensburg am 13. März 1945, dessen Ziel Kasernen, Hafen- und Bahnhofsgelände waren, wurden auch die Kirchen der ehemaligen Damenstifte Ober- und Niedermünster getroffen: Beim Niedermünster war die Nordseite mit der Paramentenkammer und dem Kreuzgang betroffen; das Obermünster dagegen, eine der bedeutendsten und bis dahin besterhaltenen frühromanischen Kirchen Deutschlands, wurde dabei bis auf wenige Reste zerstört.