Der letzte schwere Luftangriff auf Regensburg erfolgte im April 1945, sein Ziel war der Hauptbahnhof. Einige Bomben gingen dabei auf Großprüfening nieder und trafen die spätgotische Kirche St. Anna. Sie wurde stark beschädigt, ihr Westteil stürzte ein. Die wertvollen Flügelaltäre überstanden die Bombardierung, weil sie ausgelagert waren. Nach dem Kriege wurde St. Anna mit einem verkürzten Langhaus und einem neuen Türmchen wieder aufgebaut.
Ein Maria-Hilf-Bild war in der Kirche verblieben und wurde bei der Bombardierung von einem Stein getroffen. Dieser blieb in der Leinwand stecken und ist bis heute als Erinnerung an den Krieg zu sehen.
