Auch Ordensgemeinschaften finden sich unter den vertriebenen Gruppierungen, wie im Bistum Regensburg etwa das Beispiel der Magdalenerinnen zeigt: 1945 waren sie aus dem niederschlesischen Lauban (Lubań) vertrieben worden. Nachdem sie kurzzeitig bei den „Töchtern des Allerheiligsten Heilandes“ in Obernzell bei Passau untergekommen waren, zu denen sie bereits vor dem Krieg gute Kontakte pflegten, waren sie bis 1947 in Rottalmünster untergebracht. Die Folgejahre arbeiteten sie im Hilfskrankenhaus der Englischen Fräulein in Simbach am Inn. 1951 konnten sie schließlich mit einem zinslosen Staatsdarlehen das ehemalige Hofmarkschloss mitsamt 37 Hektar Grund des Reichsgrafen von Freyen-Seyboldsdorf erwerben, wo ihre Ordensniederlassung offiziell am 28. Juli 1951 vom Bischöflichen Ordinariat Regensburg genehmigt wurde.
Im ehemaligen Kuhstall der Vierflügelanlage wurde ein Speisesaal, im Bräuraum die Klosterkapelle eingerichtet. Am 1. April 1952 konnten die Schwestern nach Seyboldsdorf übersiedeln, wo sie von der Landwirtschaft, Näh-, Strick- und Stickarbeiten sowie der Krankenpflege lebten. 58 Magdalenerinnen gehörten dem Konvent 1951 an, in den folgenden Jahrzehnten jedoch nahm ihre Zahl stetig ab. Nachdem schon 1990 nur mehr 13 Schwestern in der Niederlassung lebten, gaben 2004 die letzten vier Schwestern ihre Kommunität, die über 600 Jahre bestanden hatte, schließlich auf und zogen in ein Altenheim um.

Die Kunstsammlungen des Bistums Regensburg verwahren einige ihrer Vasa sacra sowie verschiedene Erinnerungsgegenstände, welche die Magdalenerinnen aus Lauban bei der Flucht am Leib trugen.