Als am 17. August 1943 die Bomben auf die Messerschmittwerke fielen, blieb das nahe gelegene Krankenhaus der Barmherzigen Brüder, von Frater Eustachius Kugler Ende der 1920er Jahre erbaut, wie durch ein Wunder fast unbeschadet. In den Kriegsjahren diente das Männerkrankenhaus St. Pius als Reservelazarett. Eustachius Kugler, Provinzial der bayerischen Ordensprovinz, war während des Krieges zahlreichen Schikanen der Nationalsozialisten ausgesetzt. Ab 1937 hatten sich die Verhaftungen und Ordensaustritte gehäuft, Einrichtungen wurden geschlossen. Die Gestapo überwachte das Provinzialat. 30 Mal wurde Frater Eustachius stundenlang verhört, bis er bei einer Vernehmung bewusstlos zusammenbrach. Doch er hatte sich immer wieder schützend vor den Orden und die Einrichtungen der Barmherzigen Brüder gestellt, versuchte zu verhindern, was zu verhindern war. Von Weggefährten wurde berichtet: Als Hitler 1937 Regensburg besuchte und die Fratres neugierig aus dem Fenster schauten, um den Führer zu sehen, deutete Kugler in Richtung des Tabernakels der Krankenhauskirche St. Pius und sagte: „Unser Führer ist dort drinnen.“ Nach dem Krieg beschlagnahmten die Amerikaner das Krankenhaus als Militärhospital. Eustachius Kugler starb am 10. Juni 1946 an Krebs.