Um bewegliches, besonders wertvolles Kulturgut bomben- und brandsicher aufbewahren zu können, bedurfte es geeigneter Räume. Der Römerturm wurde als idealer Unterstellraum angesehen. Im Laufe des Jahres 1943 wurde er zu einem Bunker umfunktioniert, indem eine 2 Meter dicke Zwischendecke aus Beton eingezogen wurde.
Die besonders kostbaren mittelalterlichen Glasfenster des Regensburger Doms wurden ausgebaut, in 52 Kisten verpackt und im Römerturm zusammen mit weiteren Kunstgegenständen der Stadt zwischengelagert.